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无菌室一般是在微生物实验室内专辟的一个小房间，面积不宜过大，约4m2~5m2，高2.5m左右即可。无菌室外要设一个缓冲间、净化风淋间及更衣间。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备必须有空气过滤装置。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 lm。无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污垢，便于清洁。工作台的台面必须处于水平状态。工作人员进入无菌室应在更衣室穿戴好灭菌的衣、帽、鞋，经过净化风淋室，再到缓冲间，然后进入无菌室进行检验工作。
县级市的企业一般实验室多使用小型超净工作台。超净工作台其结构简单，便于移动，工作台内有紫 外灯和净化风机，外部是推拉式小门或开两个洞的玻璃门，操作时将双臂伸进去即可。
对于无菌室设计一般有如下的要求：
1)无菌操作间的洁净度应达到10000级，室内温度保持在20℃-24℃，湿度保在45%~60%，超净台洁净度应达到100级。无菌室应每月检查菌落数，在无菌室或超净工作台开启的状态下，取内径90mm的无菌培养皿若干，无菌操作分别注入融化并冷却至约45℃的平板计数琼脂培养基的 15ml，放至凝固后，倒置于36℃ ±1℃培养箱培养 48h，证明无菌后，取平板 3～5个，分别放置在工作位置的左中右等处，开盖暴露30分钟后，倒置于36℃ ±1℃培养箱培养 48h，取出检查。100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级的洁净室平均不得超过3个菌落，如超过限度，应对无菌室进行彻底消毒，直至重复检查合乎要求为止。
2)无菌室应保持清洁整齐，室内仅存放必须的检验用具如酒精灯、酒精棉、打火机、镊子、接种环、剪刀及玻璃笔等。严禁堆放杂物，以防污染。
3)无菌室应备有工作浓度的消毒液 ，如 5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液等等。
4)需要带入无菌室使用的仪器、药品、玻璃器皿等一切物品，均应包扎严密或应经适宜的方法灭菌。如培养皿、吸管用不锈钢简装好在160℃-170℃的干燥箱中灭菌 1h~2h;生理盐水用高压灭菌器于121℃灭菌20分钟等。
5)无菌室使用前必须打开无菌室和缓冲间的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开净化风机进行换气。 在紫外灯关闭后半小时方可进入无菌室进行工作。在样品检验完毕后，应及时清理剩余样品和各种药品及玻璃器皿，安全退出后再打开所有紫外灯辐照灭菌30分钟。
6)送检样品在检验前应保持外包装完整 ，不得开启，以防污染。检验前，用75%的酒精棉球消毒外表面，必要时用点燃的酒精棉进行灭菌。
7)每次操作过程中，均应做空白对照 ，以检查无菌操作的可靠性。
8)吸取菌液时 ，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管，如吸管碰到手及其它未灭菌的物体，必须重新更换，以防污染。
9)接种针每次使用前后 ，必须通过火焰燃烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。
10)带有菌液的吸管、试管等器皿应浸泡在盛有5%的来苏儿溶液的消毒桶内消毒，24h取出冲洗;培养皿则需在高压灭菌器中重新灭菌后方可处理营养基，切记不要直接冲入下水道中，防止阻塞。如有菌液洒在桌上或地上，应立即用5%石碳酸溶液或 3%的来苏儿倾覆在被污染处至少 30min，再做处理，工作衣帽等受到菌液污染时，应立即脱去，高压蒸汽灭菌后洗涤。
