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虽然各单位实验室功能分区以及名称不尽相同，但基本是由微生物实验室、理化实验室、洁净室、血清免疫学室、收样室及附属仓库、培养室、洗涤消毒室、淋浴间以及仪器室、剂仓库、纯水制备室、试标准物室、配制室、室外气体存放间、样品消化处理室、更衣室等附属功能间构成。各功能间内根据专业要求再配备中央实验台、边台、超净工作台、气瓶柜、仪器柜、洗涤台、仪器台、电脑台、试剂柜、天平台、烘箱台、高温台、毒品柜、通风柜、文件柜、更衣柜等实验室家具。
此外，实验室的服务系统，譬如：供电、上下水、惰性及氧化性气体供气管线、安防、通讯、消防、电脑网络、通风及净化、空调、废弃物处置以及消毒等基本元素的科学合理组合使之达到相应的国家标准。省、地、县级疾病预防控制中心根据职能分工应建立下列功能实验室：
省级：p3实验室，分子生物学实验室，肠道细菌检测实验室，食源性病原菌分离鉴定实验室，呼吸道病毒实验室，肠道病毒实验室(含脊灰实验室)，hiv确认实验室，结核病参比实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，消毒实验室，杀虫实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，霉菌分离及鉴定实验室，虫媒病毒实验室，毒理室及感染动物房，放射防护检测实验室，职业卫生检测室，化学毒物及毒素检测实验室，普通理化实验室，生化实验室。
地级：血清学实验室，分子生物学实验室，肠道菌实验室，食源性病原菌分离鉴定实验室，hiv初筛实验室，结核病参比实验室，消毒实验室，杀虫实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，霉菌分离及鉴定实验室，放射防护检测实验室，职业卫生检测室，常见化学毒物检测实验室，普通理化实验室。
县级：血清学检测实验室，食源性病原菌及肠道菌分离鉴定实验室，hiv初筛实验室，结核病实验室，地方病实验室，寄生虫病实验室，食品、化妆品、水质、涉水产品等健康相关产品微生物实验室，职业卫生和放射防护检测室，理化实验室，生化实验室。
除有特殊要求的实验室外，各级疾病预防控制中心开展相关病原微生物工作的实验室应达到p2实验室的建设标准。可针对本地区疾病预防控制工作的实际，充分考虑需要和可能以及利用率，设置相应功能的实验室。
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